一般反渗透装置的清洗周期在6-12个月（中水回用等水质较差的系统外），合理有效的清洗可以有效的延长膜的使用寿命。
水冲洗
利用系统的高压冲洗系统对设备进行一次高压冲洗，冲洗时间约10-15分钟。
关闭正常运行期间的阀门，开启清洗系统阀门。转入酸洗。
酸洗
在清洗水箱中加入酸性清洗剂，用反渗透产水搅拌溶解，使清洗液PH值在2-3，投加比例约1-2%（粉状清洗剂）
酸洗期间每10-15分钟检测PH、钙硬度及浊度的变化，当PH及钙硬度升高时及时添加新的清洗液，当浊度变化较大时及时更换清洗液。酸洗时间根据清洗液PH变化而定，一般清洗1-2小时，当PH值变化较大时应延长清洗时间。浸泡完循环清洗效果更佳。
酸洗结束后，放掉清洗液，同时在排污处添加氢氧化钠调节PH，防止外排酸性清洗液对环境的污染。排放结束后转入冲洗模式，冲洗10-20分钟，转入碱洗。
碱洗
加碱性清洗剂加入到加药箱内，用反渗透产水搅拌溶解，使清洗液PH值在11-12.
期间每10-15分钟检测PH、浊度的变化，当浊度变化较大时及时更换清洗液。碱洗时间根据清洗液PH变化及浊度而定，一般清洗1-2小时，当浊度变化较大时应延长清洗时间。当系统微生物污染较严重时，添加适量的非氧化杀菌剂效果更佳。
清洗结束后，放掉清洗液，同时排污处添加适量的酸调节PH，防止污染。
水冲洗。
关闭清洗系统，开启高压冲洗系统，冲洗15-30分钟，冲洗期间产水和浓水全部外排，产水电导率稳定时，停止冲洗模式，转入正常运行。
注：清洗反渗透系统时，清洗系统需配备清洗过滤器，防止在特殊环境下导致二次污堵。